Mit der im GIMP-Tutorial eingerichteten Entwicklungsumgebung lassen sich prinzipiell auch GIMP-Plugins für Windows kompilieren. Es empfiehlt sich jedoch dann, das bereits zur Verfügung stehende gimp-dev-Paket (Danke an elsamuko für den Hinweis) zur Erfüllung der notwendigen Abhängigkeiten zu verwenden: Download (32-bit) bzw. Download (64-bit)
Ansonsten können die Abhängigkeiten auch aus dem im GIMP-Tutorial zum Kompilieren verwendeten GIMP-Ordner C:\gimp\gimp-2.6.9\ nach einem ähnlichen Muster wie bei gegl und babl zusammengetragen werden.
Falls dann noch Fehlermeldungen auftauchen (die nicht auf fehlende Abhängigkeiten hinweisen), ist der Plugincode wahrscheinlich leider (noch) nicht plattformunabhängig und im Einzelfall (z.B. durch Anpassung des Makefiles, was aber weitere Anpassungen nötig machen kann) zu behandeln.
Lesenswert ist auch folgende ausführliche (englische) Anleitung zum Kompilieren von C-GIMP-Plugins unter Windows.